З липня по жовтень 2023 року Зоя ПУСТОВА, канд. с.-г. наук, доцент кафедри екології і загальнобіологічних дисциплін факультету агротехнологій і природокористування проходила стажування в Інституті генетики рослин Польської академії наук (IPG PAS) у м. Познань (Польща).
Стажування відбувалося в межах запланованих досліджень. В Україні попередньо були відібрані зразки ґрунту з полів, на яких вносили щорічно різноманітні препарати мікробіологічного походження (виробник препаратів БТУ-Центр, Україна) для підтримки росту і розвитку сільськогосподарських культур. Тривалість внесення була 5, 10, 15 років.
В лабораторії Мікробіоміки рослин (IPG PAS) з ґрунтових зразків були зроблені посіви на живильні середовища для дослідження мікроорганізмів, в тому числі фітопатогенних грибів і бактерій.
Вирощені культури грибів і бактерій пересівали на агаризовані середовища для отримання чистих культур. Також бактерії культивували в рідкому середовищі. На цьому етапі чисті культури мікроорганізмів підготували до консервації і зберігання та розмноження для виділення з них геномної ДНК, необхідної для подальших досліджень. На наступному етапі отримані ізоляти були ідентифіковані на основі мікроскопічних і молекулярних спостережень з використанням вибраних філогенетичних маркерів.
Друга частина досліджень, які проводилися в рамках стажування – це виділення мікроміцетів, які споживають та розкладають деревину. Зразки деревини відбирали з лісових і паркових насаджень різного віку. Культивування проводили на різних елективних середовищах.
Загалом було відібрано більше 200 ізолятів для ідентифікації видів на основі маркерів молекулярної послідовності. Виділення ДНК з клітин відібраних мікроорганізмів проводили з використанням рідкого азоту відповідно до рекомендацій Wizard Genomic DNA Purification Kit Isolation Genomic DNA from Plant Tissue,
Після того геномну ДНК використовували для філогенетичного аналізу. Фрагменти ДНК для ділянки рРНК ITS1-ITS2 та фрагменти гена tef1, який кодує фактор транскрипції елонгації, ампліфікували методом ПЛР з використанням пар праймерів: ITS1 (прямий) та ITS4 (зворотний), Ef28M (прямий) Tef1R (зворотний) відповідно. Продукти реакції ампліфікації виявляли за допомогою електрофорезу в агарозному гелі. Фрагменти ДНК очищали ферментативно та мітили за допомогою набору для секвенування Sanger від Applied Biosystems, які містять реагент ExoSAP-IT Express і цикл BigDye Terminator v3.1. Мічені фрагменти ДНК очищали за допомогою сефадексу. Отримані хроматограми аналізували вручну та проводили ідентифікацію за допомогою BLASTn в базі NCBI. Отримані послідовності порівнювали з тими, які зберігаються в GenBank NCBI.
Кафедра екології і загальнобіологічних дисциплін
